十三大的突出貢獻，是比較系統(tǒng)地闡述了關(guān)于社會主義初級階段的理論，完整地概括了黨在社會主義初級階段的基本路線。大會指出:正確認(rèn)識我國社會現(xiàn)在所處的歷史階段，是建設(shè)有中國特色的社會主義的首要問題，是我們制定和執(zhí)行正確的路線和政策的基本依據(jù)。我國處在社會主義初級階段包括兩層含義:第一，我國社會已經(jīng)是社會主義社會；我們必須堅持而不能離開社會主義；第二，我國的社會主義社會還處在初級階段，我們必須從這個實際出發(fā)，而不能超越這個階段。這是我國在生產(chǎn)力落后、商品經(jīng)濟不發(fā)達條件下建設(shè)社會主義必然要經(jīng)歷的特定階段，從生產(chǎn)資料私有制的社會主義改造基本完成，到社會主義現(xiàn)代化的基本實現(xiàn)，至少需要上百年時間，都屬于這個階段。在社會主義初級階段中，主要矛盾是人民日益增長的物質(zhì)文化需要同落后的社會生產(chǎn)之間的矛盾。階級斗爭在一定范圍內(nèi)還會存在，但不是主要矛盾。黨和國家的主要任務(wù)是發(fā)展生產(chǎn)力，推進社會主義現(xiàn)代化建設(shè)。黨在社會主義初級階段的基本路線是:領(lǐng)導(dǎo)和團結(jié)全國各族人民，以經(jīng)濟建設(shè)為中心，堅持四項基本原則，堅持改革開放，自力更生，艱苦創(chuàng)業(yè)，為把我國建設(shè)成為富強、民主、文明的社會主義現(xiàn)代化國家而奮斗。
社會主義初級階段理論的提出，為建設(shè)有中國特色的社會主義事業(yè)提供了有力的思想武器，是中國共產(chǎn)黨人對科學(xué)社會主義理論的又一重大貢獻。
根據(jù)鄧小平提出的設(shè)想，大會確定了經(jīng)濟發(fā)展三步走的戰(zhàn)略部署:第一步，實現(xiàn)國民生產(chǎn)總值比1980年翻一番，解決人民的溫飽問題；第二步，到二十世紀(jì)末，使國民生產(chǎn)總值再增長一倍，人民生活達到小康水平；第三步，到二十一世紀(jì)中葉，人均國民生產(chǎn)總值達到中等發(fā)達國家水平，人民生活比較富裕，基本實現(xiàn)現(xiàn)代化。
大會對十二屆三中全會提出的公有制基礎(chǔ)上有計劃的商品經(jīng)濟體制作了進一步闡述，指出:社會主義有計劃商品經(jīng)濟的體制，應(yīng)該是計劃與市場內(nèi)在統(tǒng)一的體制。社會主義商品經(jīng)濟同資本主義商品經(jīng)濟的本質(zhì)區(qū)別，在于所有制基礎(chǔ)不同。計劃和市場的作用范圍都是覆蓋全社會的。新的經(jīng)濟運行機制，總體上來說應(yīng)當(dāng)是國家調(diào)節(jié)市場，市場引導(dǎo)企業(yè)。
大會還提出了進行政治體制改革的任務(wù)，指出:政治體制改革的長遠目標(biāo)，是建立高度民主、法制完備、富有效率、充滿活力的社會主義政治體制；改革的近期目標(biāo)，是建立有利于提高效率、增強活力和調(diào)動各方面積極性的領(lǐng)導(dǎo)體制。
黨的十三大高度評價十一屆三中全會以來開辟建設(shè)有中國特色社會主義道路的偉大意義，強調(diào)指出:這是馬克思主義與中國實踐相結(jié)合的過程中，繼找到中國新民主主義革命道路、建立新中國和社會主義基本制度，實現(xiàn)第一次歷史性飛躍之后的第二次歷史性飛躍。大會還對十一屆三中全會以來開辟新道路的歷史經(jīng)驗作了初步概括，并從我國社會主義建設(shè)的階段、任務(wù)、動力、條件、布局和國際環(huán)境等方面，對改革開放和現(xiàn)代化建設(shè)實踐中形成和發(fā)展的一系列科學(xué)理論觀點作了歸納，從而使建設(shè)有中國特色社會主義理論有了比較清晰的輪廓。
黨的十三屆一中全會選舉趙紫陽、李鵬、喬石、胡啟立、姚依林為中央政治局常委，趙紫陽為中央委員會總書記；決定鄧小平為中央軍事委員會主席；批準(zhǔn)陳云為中央顧問委員會主任，喬石為中央紀(jì)律檢查委員會書記。
1988年3月至4月舉行的七屆全國人大一次會議，選舉楊尚昆為國家主席，萬里為七屆全國人大常委會委員長；決定李鵬為國務(wù)院總理；選舉鄧小平為國家中央軍事委員會主席。
鄧小平雖然不再擔(dān)任中央政治局常委的職務(wù)，從中央領(lǐng)導(dǎo)崗位的第一線退了下來，但是他作為中國社會主義改革開放和現(xiàn)代化建設(shè)的總設(shè)計師，建設(shè)有中國特色社會主義理論的主要創(chuàng)立者，仍然以高度的歷史責(zé)任感關(guān)注著改革開放和現(xiàn)代化建設(shè)事業(yè)，為黨領(lǐng)導(dǎo)的建設(shè)有中國特色社會主義事業(yè)的繼續(xù)發(fā)展發(fā)揮著指導(dǎo)作用。
四、經(jīng)濟上的治理整頓和經(jīng)受國內(nèi)外政治風(fēng)波的考驗
十三大后，黨領(lǐng)導(dǎo)全國人民沿著有中國特色社會主義道路繼續(xù)前進，努力實現(xiàn)社會穩(wěn)定和經(jīng)濟發(fā)展。1984年到1988年，我國經(jīng)濟經(jīng)歷了一個加速發(fā)展的飛躍時期。國民生產(chǎn)總值從7171億元增加到14928億元；國家財政收入從1642.86億元增加到2357.24億元；社會商品零售總額從3376.4億元增加到7440億元。外貿(mào)進出口總額從535.5億美元增加到1027.9億美元；實際利用外資從27.05億美元增加到102.26億美元。展現(xiàn)了農(nóng)業(yè)和工業(yè)、農(nóng)村和城市、改革和發(fā)展相互促進的生動局面，整個國民經(jīng)濟提高到一個新水平。
在加速發(fā)展過程中，也出現(xiàn)了一些問題。這主要是物價波動較大，通貨膨脹加劇，重復(fù)建設(shè)嚴(yán)重，經(jīng)濟發(fā)展過熱。1984年到1988年國民收入只增長70%，而全社會固定資產(chǎn)投資增長214%，城鄉(xiāng)居民貨幣收入增長200%，投資和消費的增長與國民收入增長的比例嚴(yán)重失調(diào)。1988年夏季，在經(jīng)濟秩序特別是流通秩序的混亂狀況沒有得到扭轉(zhuǎn)的情況下，中央宣布放開大部分商品價格，實行價格改革“闖關(guān)”。但這一決策未能充分考慮國家、企業(yè)和群眾的承受能力，結(jié)果誘發(fā)全國性搶購風(fēng)潮，影響了社會的安定。為扭轉(zhuǎn)嚴(yán)峻的經(jīng)濟形勢，1988年9月，黨的十三屆三中全會決定，用一段時間治理經(jīng)濟環(huán)境、整頓經(jīng)濟秩序，扭轉(zhuǎn)物價上漲幅度過大的態(tài)勢，創(chuàng)造理順價格的條件，更好地推進改革和建設(shè)。根據(jù)這一決定，國務(wù)院相繼采取一系列治理整頓的措施，壓縮投資和消費需求，加強對物價的調(diào)控和管理，整頓經(jīng)濟生活特別是流通領(lǐng)域中的各種混亂現(xiàn)象。經(jīng)過一年左右的治理整頓，取得初步效果，一度過旺的社會需求開始得到控制，過高的工業(yè)生產(chǎn)速度有所回落。
正當(dāng)治理整頓工作需要進一步推進，以解決一些深層次問題時，改革開放和經(jīng)濟建設(shè)的進程卻受到嚴(yán)重干擾。
長期以來，一些西方國家的政治勢力有計劃地通過種種渠道對社會主義國家進行思想、政治滲透，竭力支持和扶植各種反共反社會主義活動。八十年代末，東歐一些社會主義國家開始出現(xiàn)動蕩。西方敵對勢力加緊推行和平演變戰(zhàn)略，通過多種渠道對中國施加影響，使國內(nèi)搞資產(chǎn)階級自由化的人受到鼓舞。由于在一段時間里，黨內(nèi)少數(shù)領(lǐng)導(dǎo)同志在推進改革開放，大力發(fā)展經(jīng)濟的同時，對堅持四項基本原則缺乏一貫性，忽視黨的自身建設(shè)和社會主義精神文明建設(shè)，思想政治工作受到削弱，少數(shù)干部中滋生了相當(dāng)嚴(yán)重的腐敗現(xiàn)象，損害了黨在群眾中的威信和社會主義在人們心目中的形象。致使一度收斂的資產(chǎn)階級自由化思潮再度泛濫。1989年春夏，極少數(shù)反共反社會主義分子利用黨在工作中的失誤和人民群眾對物價上漲，特別是對一些干部中腐敗現(xiàn)象的不滿情緒，進行煽動反對共產(chǎn)黨的領(lǐng)導(dǎo)、反對社會主義制度的活動。他們借群眾悼念胡耀邦逝世這件事，大肆散布謠言，掀起一場有計劃、有組織、有預(yù)謀的政治動亂，并在北京地區(qū)煽動一些不明真相的人占據(jù)天安門廣場，沖擊黨政首腦要害部門，制造反革命暴亂。在關(guān)系黨和國家生死存亡的關(guān)鍵時刻，黨中央總書記趙紫陽犯了支持動亂和分裂黨的嚴(yán)重錯誤。中央政治局在鄧小平和其他老一輩革命家堅決有力的支持下，依靠人民，旗幟鮮明地反對動亂，并采取果斷措施，在6月4日一舉平息反革命暴亂，捍衛(wèi)了社會主義國家政權(quán)，維護了人民的根本利益。